Durante la recuperación muscular, las necesidades de proteína y energía aumentan y el metabolismo se ve alterado. Para el dolor muscular, la lesión menos severa, las necesidades de energía y proteína aumentan hasta 48 horas post-lesión. Adicionalmente, la oxidación de la grasa se incrementa y la sensibilidad a la insulina disminuye. Para las lesiones más agudas tales como en el tejido suave y el músculo esquelético, la frecuencia metabólica basal (FMB) puede estar incrementada en un 32% hasta tres semanas. Además, los atletas altamente entrenados con frecuencia continúan un programa de entrenamiento alternativo, el cual podría crear un balance de nitrógeno negativo y aumentar las necesidades de proteínas en la dieta. Las recomendaciones para las proteínas son 1.2-1.8/kg de peso corporal para atletas y aquellos en recuperación.