El problema principal del entrenamiento en superserie es que no se puede realizar de forma continua, ya que el músculo queda sometido a un mayor estrés y fatiga que en un entrenamiento normal. Por eso  se deben hacer con cuidado y de forma controlada y programada, evitando un sobreentrenamiento de la zona trabajada que pueda conllevar al agotamiento muscular o a quemar el músculo sin necesidad.