No obstante, al morir Alfonso V (1458) Nápoles se independizó y Sicilia siguió unida a Aragón. Fernando II el Católico recuperó Nápoles en 1504, pero mantuvo dos virreinatos diferentes, uno para Sicilia y otro para Nápoles. La situación de Sicilia como un virreinato más del Imperio español continuó hasta el año 1713. Con ocasión de la guerra de Sucesión española, se entregó la isla al duque de Saboya, Víctor Amadeo II, a título de rey. No obstante, en el año 1720 cambió Sicilia por Cerdeña, y la isla quedó en manos del emperador austriaco, Carlos VI.