Funchal ofrece otros atractivos, como su red de museos. Son relevantes el Museo de Arte Sacro (con pintura flamenca, escultura religiosa y orfebrería, incluyendo el tesoro de la catedral de Funchal), y el Museo Quinta das Cruzes (con piezas arqueológicas, muebles portugueses e ingleses de los siglos XVI al XIX, piezas de porcelana, azulejos, pinturas, grabados y litografías). Su jardín arqueológico muestra losas sepulcrales, ventanas manuelinas (de piedra basáltica), y varios escudos de armas.