En sus costas habitan, entre otras muchas especies, meros (Epinephelus marginatus), sargos (Diplodus sargus), Bodião (Sparisoma cretense), pargos (Pagrus pagru), Garoupa (Serranus atricauda), varias especies de atunes, Charuteiro (Seriola spp.), chicharros (Trachurus picturatus), espadim azul (Makaira nigricans), cavacos (Scyllarides latus) y las lapas (Patella piperata) muy apreciadas en la gastronomía madeirense. En las aguas más profundas del archipiélago se pueden observar ballenas, delfines, cachalotes (Physeter macrocephalus), tortuga boba (Caretta caretta) y foca monje (Monachus monachus).