Este mecanismo se activa también cuando hay algún tipo de estrés celular, una infección por patógenos o malformaciones celulares internas y produce los siguientes beneficios en nuestro organismo:

• Deshacer las células muertas, enfermas, gastadas o defectuosas.
• Prevenir el crecimiento de tumores.
• Detener trastornos metabólicos, como la obesidad y la diabetes.

También existen evidencias, que el proceso que realiza la autofagia ayuda a controlar la inflamación y la inmunidad de nuestro organismo, además de frenar el proceso de envejecimiento.